1592 – Il potere giurisdizionale diventa di pertinenza della "Comunità" che è presieduta da un Gonfaloniere coaudiuvato da due "priori". Il feudatario però continua ad esercitare i suoi diritti sulla elezione del clero.

1593 (14 marzo) – Papa Clemente VIII (1592-1605) concede l’Abbadia di San Silvestro a don Tommaso d’Avalos, nipote del cardinale Innico d’Avalos d’Aragona.

1595 – La Comunità spende 100 scudi per riparazioni alla chiesa.

1595 – Muore il cardinale Marco Sittico Altemps, Monte Compatri diviene proprietà di suo nipote Giovanni Angelo che ha appena dieci anni.

1603 – Giovanni Angelo Altemps si reca per la prima volta a Monte Compatri.

1603 – Appare per la prima volta la figura del medico condotto. Nello stesso anno viene introdotto anche il farmacista.

1603 (18 dicembre) – Tommaso d’Avalos dona l’Abbadia di San Silvestro ai Carmelitani Scalzi con il parere favorevole di Clemente VIII.